Die Geschichte der Stadt lässt sich bis ins 13. Jh. zurückverfolgen. Bereits damals wurde von König Håkon IV auf der Insel Tromsøya eine Kirche gebaut. Diese wurde 1308 erstmals in einem Dokument erwähnt.
In der Stadt gibt es eine Bronzeplastik, die auf ein 200-Jahr Jubiläum 1994 zurückgeht, 1794 erhielt die die Stadt Handelsprivilegien, die die Entwicklung zur grössten Stadt des Nordens förderten. Heute hat die Stadt über 75000 Einwohner und einen internationalen Flughafen. Er ist Sitz der Verwaltung des Bezirks (Fylke) Troms og Finmark und des Arktischen Rats, eines zwischenstaatlichen Forums der Arktis-Anreinerstaaten und der indigenen Bevölkerung der Region.

Seit 1804 ist es der nördlichste Bischofsitz der Welt und beherbergt auch die nördlichste Brauerei der Welt sowie die nördlichste Universität weltweit. Die Domkirche ist ein Holzbau von 1861 und ist die grösste Holzkirche Norwegens. Erst 1960 wurde die Insel Tromsøya durch eine Brücke mit dem Festland verbunden, etwas später wurde zusätzlich ein Tunnel erstellt. Auch die Nachbarinsel Kwaløya ist heute über eine Brücke mit Tromsøya verbunden.

Bekannter als der Dom ist heute die Eismeerkathedrale, die 1965 Erstellt wurde. Der weisse Bau erinnert an aufrecht stehende Eistafeln und ist zu einem weiteren Wahrzeichen der Stadt geworden.